Początki obecności ojców bernardynów w Zakopanem sięgają 1893 roku i wiążą się z ideą podjętą przez o. Czesława Bogdalskiego z klasztoru w Kalwarii Zebrzydowskiej, aby kupić w Zakopanem dom wypoczynkowy dla chorych zakonników. W 1902 roku konwent w Kalwarii Zebrzydowskiej nabył w Zakopanem w dzielnicy Bystre piętrową drewnianą willę z dużym ogrodem. Otwarta w niej niewielka zakonna kaplica pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy była dostępna dla wiernych. Pierwszym przełożonym został o. Łukasz Dankiewicz. Do 1911 roku przebywał tam pisarz zakonny o. Florentyn Szczepanik, tłumacz Pism św. Franciszka z Asyżu, żywotów świętych oraz założyciel (1912) i pierwszy redaktor przedwojennego „Posłańca św. Antoniego”.

W Zakopanem przebywało kilku zakonników rocznie. Domem opiekował się konwent kalwaryjski, a w latach 1933-1939 – rzeszowski (o. Bernardyn Wawrzaszek). Od sierpnia 1939 roku dom był zamieszkały na stałe, najpierw przez 2 ojców i 1 brata, później liczba zakonników zwiększyła się. W związku z zamknięciem przez Niemców kaplic w Księżówce i w Zakładzie Urszulanek w Jaszczurówce, ojcowie bernardyni rozpoczęli też posługę duszpasterską w kaplicy, gdzie odprawiali nabożeństwa, głosili kazania i spowiadali.

W 1950 roku staraniem ówczesnego przełożonego o. Fulgentego Dębskiego rozbudowano dotychczasową kaplicę, zachowując jej styl zakopiański i we-zwanie św. Antoniego. Projekt drewnianego kościoła przygotował architekt Jędrzej Czarniak, a wykonawcami planów byli cieśle Stanisław Stachoń Gał z Olczy i Józef Wróbel z Bystrego. Kościół został poświęcony w 1959 roku.

W 1958 roku abp Eugeniusz Baziak wyraził zgodę na nową erekcję domu zakonnego w Zakopanem, który formalnie stał się klasztorem.

Dla rozbudowy domu zakonnego zasłużył się gwardian o. Mieczysław Grzybowski, który pracował w Zakopanem od 1963 roku (najpierw jako wikary). Przebudował i powiększył część klasztoru zniszczoną na polecenie władz komunistycznych. W 1970 roku zbudowano nową dzwonnicę kościelną według projektu architekta Jerzego Habera, po tym jak poprzednia została w 1968 roku zawalona przez halny. W 1976 roku umieszczono w niej wielki dzwon „Antoni”.

Za gwardianatu o. Antoniego Kluski na dziedzińcu kościoła w 13. rocznicę zamachu na życie Ojca Świętego Jana Pawła II ustawiono 4-metrowy metalowy krzyż z kutym godłem Polski, znakiem Polski Walczącej oraz napisem: „Polsko, byłem Ci wiernym synem”. Na fundamencie z biało-czerwonych otoczaków, ułożonych w kształcie góralskiego kapelusza, znajduje się granitowa tablica z napisem: „Ofiarom komunistycznego terroru, poległym i pomordowanym – wieczną Ojczyznę racz im dać Panie. 13 V 1994 roku”. Krzyż zaprojektowali i ufundowali Jan Strama i Władysław Gąsienica Makowski z Zakopanego oraz Józef Chowaniec z Poronina.

W latach 1991-1999 wybudowano nowy dwupiętrowy klasztor według projektu architektów Danuty Kopkowicz i Zbigniewa Śliwińskiego. Inicjatorem i budowniczym nowego klasztoru był ówczesny gwardian o. Antoni Kluska. Oprócz piętra objętego klauzurą, pomieszczenia zarówno w nowym budynku, jak i w starej części klasztoru pełnią również funkcję pokoi gościnnych dla turystów odwiedzających Zakopane.

W 2001 roku kościół został wydłużony o chór zakonny za ołtarzem oraz o pokój i bibliotekę nad nim. W następnym roku podziemia kościoła zaadoptowano na Oratorium św. Antoniego. Znajdują się tam także aula, siłownia, sala gier i pomieszczenia przeznaczone na spotkania duszpasterskie. W 2003 roku wzniesiono na kościele nową wieżę w stylu góralskim. Kościół otacza piękny ogród – alpinarium. Główne wejście do kościoła znajduje się do ul. Mieczysława Karłowicza.

Dzięki staraniom gwardiana o. Antoniego Kluski OFM, 9 sierpnia 2020 roku Metropolita Krakowski, ks. abp Marek Jędraszewski ustanowił zakopiański kościół oo. Bernardynów Diecezjalnym Sanktuarium św. Antoniego.

Główny ołtarz św. Antoniego w 1951 roku wykonał w drewnie modrzewiowym zakopiański rzeźbiarz Paweł Szczerba, a prace stolarskie przeprowadził jego brat – Józef Szczerba. Spod dłuta Pawła Szczerby wyszły także figury ołtarzowe: św. Antoniego w ołtarzu głównym, a w nawach bocznych – św. Franciszka, Serca Pana Jezusa i Matki Najświętszej. Figurę patrona kościoła otaczają liczne wota, które umieszczono w gablotach.

Z kolei rzeźbiona chrzcielnica jest dziełem Krzysztofa Szczerby (syn Pawła). Ławki oraz konfesjonał z płaskorzeźbą przedstawiającą Dobrego Pasterza pochodzą z lat 50. XX wieku i zostały wykonane przez rzeźbiarza Antoniego Szczerbę (brat Pawła i Józefa).

Znajdujący się w kościele ołtarz soborowy pochodzi z 1972 roku i został wykonany przez Władysława Karpiela. On też jest twórcą drugiego konfesjonału -z płaskorzeźbą przedstawiającą Syna Marnotrawnego.

W prawej nawie znajduje się także płaskorzeźba ukazująca Jana Pawła II, wykonana przez Franciszka Surmiaka z Zakopanego. Jest on także twórcą reliefów Matki Bożej Częstochowskiej i św. Józefa.

Płaskorzeźby stacji Drogi Krzyżowej wyrzeźbił Józef Janas z Dębna. Z kolei antepedia w ołtarzach i wielki żyrandol w nawie głównej, wykonane w drewnie lipowym, pochodzą z 1973 roku i są dziełem ludowego twórcy Tomasza Ligasa z Krościenka.

Na chórze, który zwraca uwagę swą oryginalną galeriową konstrukcją, znajdują się 12-głosowe organy. Zostały zaprojektowane przez ks. prof. Jana Chwałka, a wykonane w 1978 roku przez krakowskiego organomistrza Henryka Siedlara. Obudowę instrumentu wykonał Andrzej Karpiel według projektu Wacława Karpiela.

Okna w górnej kondygnacji zapewniają wnętrzu kościoła dużo światła. Z kolei w oknach dolnej części znajdują się obrazy na szkle Bożeny Romanowskiej, imitujące witraże. Malowidła na szkle znajdują się także w przedsionku przy głównym wejściu, przedstawiają świętych Franciszka, Maksymiliana Kolbe, Antoniego oraz błogosławionego Brata Alberta Chmielowskiego. Wykonane zostały w 1977 roku przez Marię Veltuzen-Nagrobecką. Jej matka – Maria Veltuzen – jest projektantką ruchomej szopki z 1953 roku, wykonanej przy współudziale Władysława Klusia z Olczy i Macieja Szadkowskiego. Wystawiana w okresie Bożego Narodzenia jest dużą atrakcją.

Ojcowie bernardyni prowadzili posługę duszpasterską od początku swej obecności w Zakopanem, natomiast w 1976 roku abp Karol kardynał Wojtyła powierzył im duszpasterstwo parafialne na Bystrem, Kozińcu i Antałówce. W 1984 roku została erygowana parafia pod wezwaniem św. Antoniego z Padwy.

Na terenie parafii swoje domy mają Siostry Służebniczki Niepokalanego Poczęcia NMP, Córki Maryi Niepokalanej, Siostry Urszulanki Serca Jezusa Konającego.

Posługujący bracia głoszą misje i różnego typu rekolekcje, są spowiednikami sióstr zakonnych w Zakopanem, pełnią posługę duszpasterską wśród chorych w Uniwersyteckim Szpitalu Ortopedyczno-Rehabilitacyjnym w Zakopanem, a także przygotowują młodzież do sakramentów.